HSE管理體系認證與普通三體系認證有顯著的不同。HSE管理體系，也就是健康（Health）、安全（Safety）和環境(Environment）三位一體的管理體系，主要應用于國際石油行業，特別是在油氣勘探開發和施工行業中使用，用于管理這些領域的健康、安全和環境風險。

HSE管理體系認證的核心是責任制，這個過程包括識別與評價，以及采取有效的防范手段、控制措施和應急預案來防止事故的發生或把風險降到最低程度，以減少人員傷害、財產損失和環境污染。

另一方面，普通的三體系認證通常指的是ISO 9001質量管理體系認證、ISO 14001環境管理體系認證以及ISO 45001職業健康管理體系認證三種單獨的體系認證。這些標準雖然也致力于提高組織的內部管理水平和運營效率，但它們各自獨立，只覆蓋了特定的管理領域。